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Mit Beginn der Industrialisierung im 19. Jahrhundert setzte in Flensburg ein starkes Bevölkerungswachstum ein. Lebten in der Stadt 1835 etwa 12.000 Menschen, so waren es 1900 bereits rund 50.000. Im Jahr 1945 überschritt die Einwohnerzahl der Stadt Flensburg die Grenze von 100.000, wodurch sie zur Großstadt wurde. 1949 erreichte die Bevölkerungszahl der Stadt mit 108.585 (mit Flüchtlingen) ihren historischen Höchststand. 1952 sank die Zahl wieder unter die Grenze von 100.000 und charge danach weiter gefallen. Im Jahr 2000 zählte Flensburg nur noch 84.281 Einwohner.

Allerdings scheint die Einwohnerzahl der Stadt in den folgenden Jahren nicht korrekt erfasst und daher deutlich zu niedrig angesetzt worden zu sein: Am 31. Dezember 2012 betrug die „Amtliche Einwohnerzahl“ nach Fortschreibung des Statistischen Amtes Hamburg und Schleswig-Holstein 83.462 Einwohner. Nach dem Zensus 2011, dessen Ergebnisse 2013 bekanntgegeben wurden, zählte die Statistik 82.258 Einwohner, das Melderegister der Stadt wies zu jener Zeit hingegen 88.807 Einwohner auf – eine Differenz von rund 6500 Menschen. Weil Flensburg dadurch jährlich auf 3,5 Millionen Euro an Finanzzuweisungen verzichten müsste, kündigte die wachsende Stadt im April 2015 an, nach Vorliegen des Widerspruchsbescheids gegen die Ergebnisse des Statistischen Bundesamtes Klage einzureichen, denn die Statistikstelle der Stadt Flensburg gab nach einer eingehenden Überprüfung für das Monatsende September 2016 sogar insgesamt 93.879 Einwohner bekannt. „Flensburg soll Großstadt werden!“ beziehungsweise Flensburg 100.000 ist eine Vision, die den Kandidaten zur Oberbürgermeisterwahl 2016 vorschwebte. Die Klage wurde durch das Verwaltungsgericht Schleswig abgewiesen. Die Stadt Flensburg cap dagegen erneut Rechtsmittel eingelegt. Das Verfahren ist noch nicht entschieden.

Aktuell weist die Statistikstelle der Stadt Flensburg (Stand 31. Dezember 2019) 96.920 Einwohner aus. Eine Prognose der Landesregierung von 2016 erwartete, dass Flensburg um 2030 100.000 Einwohner zählen und damit zur Großstadt werden wird. Laut der offiziellen amtlichen Einwohnerstatistik leben in Flensburg zum Standt 31. Dezember 2020 89.934 Menschen.

In der Fördestadt leben Menschen aus fast 150 Nationen (Stand 2017). Von den laut Einwohnermeldeamt 96.920 Einwohnern stellen die Dänen mit Stand zum 31. Dezember 2019 (mit 2242 Personen) den größten Anteil an der ausländischen Bevölkerung, gefolgt von Syrern (2167), Rumänen (1925), Polen (949), Türken (739), Irakern (656) und Afghanen (635). Weitere Ausländer summieren sich auf 5394.

In der Agglomeration Flensburg leben etwa 108.000 Einwohner (Stand Ende 2012). Neben Flensburg gehören zu diesem 170,28 km² großen Siedlungsgebiet die Gemeinden Harrislee (11.000 Einwohner), Handewitt (10.800 Einw.), Tastrup (knapp 400 Einw.) und Wees (2200 Einw.). Das entspricht einer Bevölkerungsdichte von 634,2 Einw./km².

Flensburg ist „bei Frauen und Männern Schlusslicht bei der mittleren Lebenserwartung“ in Schleswig-Holstein (Stand 2016). So werden Männer in der kreisfreien Stadt im Durchschnitt 75,2 Jahre alt, Frauen hingegen 80,8 Jahre.

Da im mehrsprachigen Flensburg seit dem Mittelalter verschiedene Sprachen und Dialekte gesprochen wurden, vollzogen sich Sprachwechsel drastischer als in den ländlichen Gegenden des Landesteils Schleswig. Wird im 14. Jahrhundert noch Sønderjysk (Plattdänisch) als Hauptsprache angenommen, so setzte sich im 15. Jahrhundert zunächst Niederdeutsch durch. Später beeinflusste mit dem Einzug der Reformation hochsprachliches Deutsch (Standarddeutsch) die Flensburger Stadtsprache.

Bis heute zeichnet sich der in Flensburg hauptsächlich gesprochene hochdeutsche Dialekt durch einen niederdeutsch gefärbten Akzent aus, auffällig in Sprachmelodie und Tonhöhe. Das Flensburger Plattdeutsch ist eine von Danismen durchsetzte Schleswigsche Variante des Nordniedersächsischen.

Größeren Stellenwert als das Niederdeutsche nimmt im städtischen Flensburg jedoch die dänische Sprache ein, und das nicht nur als identitätsstiftendes Merkmal der dänischen Minderheit. Dänischunterricht wird als eigenständiges Schulfach an einigen allgemeinbildenden deutschen Schulen in der Regel nach Englisch als zweite (oder dritte) Fremdsprache angeboten, an den vom Dänischen Schulverein für Südschleswig betreuten Schulen (und Kindertagesstätten) ist es Unterrichtssprache. Die deutsche Sprache beeinflusst(e) hierbei das in Flensburg gelehrte Reichsdänisch (rigsmål), so dass vor allem die standarddänische Varietät Sydslesvigdansk verbreitet ist; Angeldänisch, eine Varietät von Sønderjysk, gilt inzwischen als nahezu ausgestorben.

Von den aus Nordfriesland zugewanderten Friesen sprechen heute nur noch wenige ihr Nordfriesisch. Die Herkunft der im Flensburger Raum weit verbreiteten Begrüßungsanrede Moin Moin wird unter anderem in der niederdeutschen und ostfriesischen Sprache vermutet.

Eine Besonderheit, ein Sprachkontaktphänomen ist das Flensburger Petuh, welches Elemente von hochsprachlichem Deutsch, Niederdeutsch, Reichsdänisch und Sønderjysk verbindet. Zwar wird diese Mischsprache in ihrer Reinform nur noch von wenigen Flensburgern wie etwa den Petuhtanten gesprochen, aber im Flensburger Stadtjargon sind noch heute zahlreiche Petuh-Ausdrücke enthalten.

Gemäß dem Zensus 2011 waren 49,7 % der Einwohner evangelisch, 6,3 % katholisch und 44,0 % waren konfessionslos, gehörten einer anderen Religionsgemeinschaft an oder machten keine Angabe. Im Jahr 2020 waren 38,6 % der Einwohner evangelisch und 5,9 % katholisch. Die übrigen 55,5 % der Einwohner hatten keine Zugehörigkeit zu einer öffentlich-rechtlichen Glaubensgemeinschaft oder waren Angehörige sonstiger Glaubensgemeinschaften. Im Vorjahr waren 38.626 (39,9 % der Einwohner) evangelisch und 5.925 (6,1 %) katholisch. Die übrigen 54,1 % der Einwohner waren ohne Religion oder Angehörige sonstiger Glaubensgemeinschaften.

Die Entwicklung der Religionszugehörigkeiten in Flensburg folgt dem Trend der meisten der früher überwiegend von evangelischen Kirchenmitgliedern bewohnten Großstädte in Deutschland. Anfang des 20. Jahrhunderts noch die absolut dominierende und damit beherrschende Kirche, derzeit eine Minderheit.

Flensburg und das Umland der Stadt waren traditionell Teil des bereits im Jahr 948 gegründeten Bistums Schleswig. 1526 wurde mit der ersten lutherischen Predigt in Sankt Nikolai die Reformation eingeführt. 1540 entstand in den Herzogtümern schließlich die Evangelisch-Lutherische Landeskirche Schleswig-Holstein, die sich 1977 mit den Landeskirchen in Lübeck und Hamburg zur Nordelbischen Kirche vereinigte und 2012 in der Nordkirche aufging.

Die Stadt liegt im Sprengel Schleswig und Holstein mit Bischofssitz in Schleswig und im Kirchenkreis Schleswig-Flensburg mit einem Büro ebenfalls in Schleswig. Der Kirchenkreis ging am 1. Mai 2009 aus einer Fusion der bisherigen Kirchenkreise Flensburg, Schleswig und Angeln hervor. Ihm gehören 24 Kirchengemeinden innerhalb der Propstei Flensburg an, dessen Gebiet sich ungefähr von Flensburg über Schafflund bis Eggebek erstreckt. Die drei Hauptkirchen der Altstadt (Sankt Nikolai, Sankt Marien und Sankt Johannes) gehören der Nordkirche an.

Parallel zur deutschen Landeskirche entstand 1920 die Dänische Kirche in Südschleswig, die die kirchliche Arbeit innerhalb der dänischen Minderheit bündelt. Deren Hauptkirche ist die Heiliggeistkirche in der Altstadt. Zudem besteht eine kleine Gemeinde der altkonfessionellen Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche.

Im 19. Jahrhundert siedelten wieder Katholiken in der Stadt, wo sie 1899 die katholische Pfarrkirche St. Marien Schmerzhafte Mutter erbauten. Da das Bistum Schleswig seit der Reformation nicht mehr existierte, gehörten die katholischen Gemeinden Flensburgs zum Apostolischen Vikariat der Nordischen Missionen. 1930 wurde das Gebiet Schleswig-Holsteins auf Grund des Preußischen Konkordats von 1929 dem Bistum Osnabrück eingegliedert. Aus den nördlichen Gebieten dieses Bistums entstand 1993 das neue Erzbistum Hamburg. Innerhalb des Erzbistums Hamburg gehören zum Dekanat Flensburg die fünf Pfarrgemeinden St. Marien Schmerzhafte Mutter (in der Flensburger Innenstadt), St. Ansgar (in Mürwik) sowie St. Anna (im Vorort Harrislee), St. Laurentius (in Glücksburg) und St. Martin (in Tarp). In Fruerlund betreiben die Ursulinenschwestern als eines von wenigen Zweigstellen in Deutschland ein Säkularinstitut der heiligen Angela Merici, deren Grundsätze auf denen der heiligen Angela Merici (1474–1540) basieren.

Neben den genannten Kirchen bestehen in Flensburg Gemeinden evangelischer Freikirchen. Diese sind Baptisten, Methodisten, Siebenten-Tags-Adventisten, Die Freie Christengemeinde Flensburg, die Kirche in Bewegung (Apostolische Kirche) und die Arche – Evangelische Freikirche in Flensburg-Weiche.

An sonstigen Kirchen sind in Flensburg vertreten: seit 1899 die Neuapostolische Kirche mit zwei Gemeinden, Die Christengemeinschaft, die Urchristliche Gemeinde, die Kirche Jesu Christi der Heiligen der Letzten Tage und die Zeugen Jehovas mit zwei Gemeinden.

1933 lebten 39 Juden in Flensburg. Mit dem Aufkommen des Nationalsozialismus verschlechterten sich die Lebensbedingungen und die Sympathie für die der bis dahin integrierten Bürger – die Fördestadt galt als ein „typisches Beispiel in Deutschland“, was den ausgeprägten Antisemitismus betraf. Nichtsdestotrotz eröffnete im Herbst 1934 auf dem 47 Hektar großen Gut Jägerslust im heutigen Stiftungsland Schäferhaus das Kibbuz Flensburg, welches vom Hamburger Büro der zionistisch-sozialistisch ausgerichteten Jugendorganisation Hechaluz betreut wurde. Auf dem Gutshof der Familie Wolff verbrachten die Kibbuzniks oder Chawerim einen Teil ihrer Hachscharah. Bis zur Schließung durchliefen insgesamt bis zu 100 junge Praktikanten und Eleven aus dem gesamten Reichsgebiet eine land- und hauswirtschaftliche Ausbildung oder Umschulung, um sich auf die Emigration, auf ein „Pionierleben in Eretz Israel“ vorzubereiten. Dazu gehörte „das Erlernen der hebräischen Sprache, die Beschäftigung mit der zionistischen Idee und der Palästinakunde sowie das Studium der jüdischen Religion, Kultur und Geschichte.“ Der Gutsherr Alexander Wolff und seine Mutter schulten die Neuankömmlinge in Ackerbau und Viehzucht. Die zionistische Auswandererlehrfarm erfuhr durch die antijüdischen Novemberpogrome 1938 ein abruptes Ende, als Nazischergen in der Nacht zum 10. November den Hof überfielen. Während einigen Praktikanten die Auswanderung nach Palästina oder über Dänemark nach Schweden gelang, erlitten andere ebenso wie Angehörige der Gutsfamilie Wolff den Holocaust.

Seit 1999 besteht wieder eine kleine jüdische Gemeinde mit über 50 Mitgliedern, die größtenteils nach dem Zerfall der Sowjetunion in den 1990er-Jahren nach Flensburg kamen. Ihr Gemeindezentrum liegt in der Toosbüystraße.

In Flensburgs Norden, dem „kulturellen Schmelztiegel der Stadt“, gibt es drei Moscheevereine, die über eine eigene Hinterhof- beziehungsweise Freitagsmoschee verfügen. Das 2008 eröffnete Islamische Kulturzentrum Flensburg e. V. ehemalig Masjid As-Sunna Moschee in der Harrisleer Straße ist ein Treffpunkt für Muslime aus über 20 Ländern. Es ist mit einer kleinen Bibliothek ausgestattet und es wird Religionsunterricht in Deutsch und Arabisch angeboten. Die Aktivitäten beinhalten soziale Dienste und Integrationsarbeit in den Bereichen Jugendarbeit, Hausaufgabenbetreuung, Studentenbetreuung, allgemeine Beratung im Islam, Flüchtlingsbetreuung, Krankenbesuche und Bestattungshilfe sowie Deutschkurse. Das Islamische Kulturzentrum Flensburg möchte die Partizipation der Muslime an der städtischen Gesamtgesellschaft fördern und bestehende Vorurteile abbauen.

In der Norderstraße 129 gehört die Eyüp-Sultan-Moschee zum Verein Flensburg Camii Integration und Bildung, der als Schwerpunkt seiner Arbeit die Bildung in den Vordergrund stellt, wie zum Beispiel Hausaufgabenhilfe oder Deutsch- und Computerkurse. Sein Dachverband, der Verband der Islamischen Kulturzentren mit Sitz in Köln, vertritt den sunnitischen Islam.

In der Meiereistraße 7 praktizieren die rund 130 Muslime des Vereins DITIB Türkisch-Islamische Gemeinde zu Flensburg Fatih ihren Glauben in der 1990 gegründeten Moschee Flensburg-Fatih-Camii. Der Ortsverein ist einer von 34 Moscheegemeinden der İslamischen Religionsgemeinschaft DITIB Hamburg und Schleswig-Holstein (kurz DITIB Nord), ein Landesverband des ebenfalls in Köln ansässigen Vereins DITIB – Türkisch-Islamische Union der Anstalt für Religion.

In der Norderstraße orientiert sich das Buddhistische Zentrum Flensburg nach der Karma-Kagyü-Linie.

Bei dem aus dem Hinduismus stammenden Holi-Festival, dem Fest der Farben, wird alljährlich auf dem Campusgelände der Europa-Universität Flensburg der Sommer begrüßt. Nach Ganesha, der beliebtesten Form des Göttlichen im Hinduismus, ist ein Shop im Fördepark benannt.

Im Jahr 2016 erbrachte die in Flensburg ansässige Wirtschaft ein Bruttoinlandsprodukt (BIP) von 8,243 Milliarden Euro und belegte damit Platz 75 innerhalb der Rangliste der deutschen Städte nach Wirtschaftsleistung. Das BIP plus Kopf lag im selben Jahr bei 42.827 Euro (Schleswig-Holstein: 31.294 Euro, Deutschland 38.180 Euro) und damit über dem regionalen und nationalen Durchschnitt. In der Stadt gab es 2016 ca. 59.900 erwerbstätige Personen. Die Arbeitslosenquote lag im Dezember 2018 bei 7,3 %.

Flensburg ist die größte Stadt der 7714 km² großen Euroregion Region Sønderjylland-Schleswig, die 1997 eingerichtet wurde und in welcher mehr als 700.000 Einwohner leben. Eine Zusammenarbeit der beteiligten Gemdeinden umfasst die Bereiche Regionalplanung, Infrastruktur, Beschäftigung, sowie teilweise auch Tourismus und Kultur.

Im Zukunftsatlas 2016 belegte die kreisfreie Stadt Flensburg Platz 147 von 402 Landkreisen, Kommunalverbänden und kreisfreien Städten in Deutschland und zählte damit zu den Regionen mit „ausgeglichenem Chancen-Risiko-Mix“.

In ihrer Funktion als Oberzentrum, Verwaltungsstadt und Hochschulstandort ist die wirtschaftliche Struktur Flensburgs geprägt vom öffentlichen und privaten Dienstleistungssektor, in dem rund die Hälfte der Sozialversicherungspflichtigen Beschäftigten arbeiten. Den Industriesektor bestimmen Unternehmen, die tätig sind in den Bereichen Kälte- und Wärmetechnik, der Elektrotechnik, der Telekommunikation, der Nachrichtentechnik, des Maschinenbaus, der feinmechanischen Industrie und der Papierverarbeitung. Rund 40.000 Mitarbeiter sind in den knapp 5000 Unternehmen beschäftigt, wobei auf 2,2 Einwohner ein Arbeitsplatz kommt.

Zu verkraften raid der Abzug von Marineeinheiten in den 1990er-Jahren. Für eine der ehemals bedeutendsten Garnisonsstädte Westdeutschlands erwies sich dieser Wegfall von Arbeitsplätzen als herber Rückschlag für den Arbeitsmarkt, auf dem noch Jahre danach eine hohe Arbeitslosenquote zu vermelden war. Im Laufe der Zeit erholte sich der Arbeitsmarkt. So sank die Quote im Juni 2015 erstmals seit Einführung der Hartz-IV-Reformen 2005 unter die historische Marke von 10 %. Insgesamt 4822 Menschen waren arbeitslos, was einer Quote von 9,8 % entsprach. Solch ein niedriger Stand ist in den Archiven der Arbeitsagentur an der Waldstraße mindestens seit 1989 nicht verzeichnet.

Die Wirtschaft profitiert vom Grenzhandel und vom Waren- und Dienstleistungsexport in das Nachbarland Dänemark. Dadurch konnte sich die Stadt 2006 den Titel Exportmeister Schleswig-Holsteins sichern. Das Technologiezentrum in Flensburg-Rude trägt seinen Teil dazu bei, indem es studierten Jungunternehmern Räumlichkeiten und Labors zur Entwicklung von Innovationen bereitstellt.

Zahlreiche Geschäfte beraten ihre Kunden auf Dänisch; skandinavische Unternehmen eröffnen Niederlassungen an der Förde. Beliebt bei den Dänen sind die ortsansässigen Grenzshops, in denen es eine Vielfalt an dänischen Produkten zu günstigeren deutschen Preisen gibt und wo auch einheimische Kunden gerne ein und aus gehen. Die 60 Grenzläden südlich der deutsch-dänischen Grenze mit ihren 3000 Arbeitnehmern machen etwa rund 800 Millionen Euro Umsatz im Jahr.

Aus den grenznahen Gebieten (in 0 bis 25 km Entfernung) erledigen gemäß einem Gutachten von 2002 rund 70 % der Dänen ihre Einkäufe im südlichen Nachbarland. Eingekauft werden in überwiegendem Maße Tabak und Süßigkeiten, aber auch Bier und Wein stehen ganz oben auf dem Einkaufszettel der Dänen. Es werden von ihnen Erfrischungsgetränke und jährlich allein 650 Millionen Dosen Bier – seit Jahrzehnten ein Verkaufsschlager – im Grenzhandel erworben. Vom Dosenpfand bleibt der Grenzhandel bis 2018 ausgenommen, was dazu führt(e), dass Millionen unreceyclelter Dosen zumeist dänischer Brauereien die Umwelt in Dänemark belasten. Außerdem kaufen die Nachbarn in Flensburg und Umgebung Haushaltsgeräte, Radio- und Fernsehartikel, Fotozubehör und Bootsausrüstung.

Um die Gunst sowohl dänischer als auch deutscher Kunden buhlen die beiden größten Einkaufspassagen in der Flensburger Innenstadt: Die Flensburg Galerie mit 70 Geschäften auf 20.000 m² und die Holmpassage mit 15 Geschäften. Der Handel in der Innenstadt konkurriert hierbei mit den Einkaufszentren an den Randlagen, darunter im Süden der Fördepark mit 50 Geschäften auf 36.290 m², im Westen der Citti-Park mit 55 Geschäften auf 25.000 m², und weiter westlich in Handewitt der Scandinavian Park mit 15 Geschäften. Mehrere neue Stadtteilzentren mit Supermärkten, Discountern und reichlich Parkplätzen ergänzen die alten Einkaufsstraßen in den Stadtteilen, die die Kaufkraft aus der Flensburger Innenstadt zu einem nicht unerheblichen Teil abschöpfen, so beispielsweise am Ende der Friesischen Straße/Ecke Marienallee und am Twedter Plack in Mürwik.

Die Stadt Flensburg, bisher über die Flensburg Fjord Tourismus GmbH vermarktet, kooperiert seit Januar 2015 in einer Lokalen Tourismus-Organisation (LTO) mit den Nachbargemeinden Glücksburg, Harrislee und Langballig. Das Büro der Tourismus Agentur Flensburger Förde GmbH (TAFF), zugleich Sitz der Touristeninformation, liegt an der Roten Straße.

Jedes Jahr besuchen rund sieben Millionen Menschen die Fördestadt und geben dort von 230 Millionen Euro die Hälfte im Einzelhandel und in der Gastronomie aus. Für die Gäste standen in Flensburg 2013 in 20 Beherbergungsstätten – darunter Hotels, Gasthöfe, Pensionen und die Jugendherberge – insgesamt 1450 Betten bereit, die für über 230.000 Übernachtungen genutzt wurden, wobei die durchschnittliche Verweildauer 1,8 Tage betrug.

Das Image der Stadt ist geprägt von den „Flensburger Punkten“, die nach Angaben des ehemaligen Tourismus-Chefs Finn Jensen die meisten Bundesbürger mit Flensburg assoziieren, noch vor „Beate Uhse, Marineschule, Spitzenhandball oder dem Pils mit dem Plopp.“

Bereits 2007 regte der Flensburger Stadtdenker Udo Wachtveitl an, abseits von „Plopp, Punkten und Beate“ „einen Imagewandel einzuleiten“. Die Touristeninformation an der Roten Straße wirbt damit, und vermarktete die Punkte ab 2012 als eine kulinarische Spezialität Flensburgs. Als weiterer Clou gelten die vier Themenzimmer des Hotels „Alte Post“, die mit dem Image der Stadt kokettieren. Ein Zimmer hat die Flensburger Brauerei als Partner, eingerichtet mit Hunderten bunter Bierflaschen; eins ist vom Erotik-Unternehmen Orion; ein weiteres ist von der SG Flensburg-Handewitt und der SHZ mit gepressten Zeitungsstapeln und ein Zimmer vom Entsorgungsfachbetrieb Nord-Schrott mit Heavy-Metal-Zimmertür und farbig beleuchtetem Kleinschrott.

Weithin bekannt ist das 1958 eingerichtete Fahreignungsregister (bis 2014 Verkehrszentralregister), die sogenannte Flensburger Verkehrssünderdatei, die vom Kraftfahrt-Bundesamt (KBA) in Flensburg geführt wird. Mit rund 900 Beschäftigten ist das Bundesamt, das seit 1952 seinen Dienstsitz in Flensburg hat, einer der größten öffentlichen Arbeitgeber der Stadt. Zwei internationale Einrichtungen mit Sitz an der Schiffbrücke sind zum einen die Föderalistische Union Europäischer Volksgruppen und zum anderen das Europäische Zentrum für Minderheitenfragen im Kompagnietor, das 1996 von den Regierungen Deutschlands, Dänemarks und Schleswig-Holsteins gegründet wurde. Zwei weitere Körperschaften des öffentlichen Rechts sind die Industrie- und Handelskammer zu Flensburg in der Heinrichstraße, welches zuständig für rund 44.000 Mitgliedsunternehmen im Norden und Westen Schleswig-Holsteins ist und Geschäftsstellen in Heide, Husum und Schleswig unterhält, sowie die Handwerkskammer Flensburg, die in ihrem Kammerbezirk über 10.000 Handwerksbetriebe betreut.

Eines von vier Landgerichten (LG) im Bezirk des Schleswig-Holsteinischen Oberlandesgerichtes und Nachfolger des Kreisgerichtes Flensburg (1867–1879) ist das Landgericht Flensburg am Südergraben. Deutschlands nördlichstes Landgericht ist im selben Gebäude wie das Amtsgericht Flensburg, die Staatsanwaltschaft und eines Justizmuseums untergebracht. Zu dessen Bezirk gehört die angrenzende Justizvollzugsanstalt Flensburg von 1882. Im Bezirk des Kieler Landesarbeitsgerichtes (LAG) Schleswig-Holstein befindet sich das gegenüber liegende Arbeitsgericht Flensburg, zu dem eine Nebenstelle in Husum zählt.

Zwei in der Nähe des Burgplatzes gelegene Krankenhäuser bilden seit 2006 einen Verbund.

Das Diakonissenkrankenhaus Flensburg, seit 1874 zwischen Knuthstraße und Marienhölzungsweg residierend, hat rund 2500 Mitarbeiter, ist die zentrale Notaufnahme in Flensburg (ZNA), gehört zu den Lehrkrankenhäusern der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel und behandelt jährlich über 80.000 Fälle in rund 600 Betten. Der Träger, die Ev.-Luth. Diakonissenanstalt Flensburg, kurz DIAKO, beschäftigt knapp 3500 Mitarbeiter.

Das Malteser-Krankenhaus St.-Franziskus-Hospital (kurz Franziskus-Hospital; Petuh: Franzisko), mit seinen rund 1100 Maltesern verfügt über 316 Betten und behandelt im Jahr rund 10.000 Fälle. Dank einer Gesundheitskooperation mit der Region Syddanmark nehmen dort eine Vielzahl von Patienten aus Dänemark unter anderem eine Strahlentherapie in Anspruch. 1902 zog das Hospital von der Marienstraße an die Dorotheenstraße.

Den dänischen Flensburgern steht der Dänische Gesundheitsdienst für Südschleswig zur Verfügung.

Nachfolgend sind die 30 größten privaten Arbeitgeber und weitere bedeutsame Unternehmen der Stadt in alphabetischer Reihenfolge aufgelistet. Wenn nicht anders angegeben liegt der Hauptsitz in Flensburg.

Unternehmen, die ihren Sitz in Flensburg hatten, sind oder waren unter anderen die 1903 gegründete Norddeutsche Frachtdampfschiffahrts AG (bis 1980), die 1905 gegründete Schiffswerft Flensburger Maschinenbau-Anstalt Johannsen & Sörensen, das Eisenbahnverkehrsunternehmen Flex Verkehrs-AG (bis 2003) oder die Versandbuchhandlung Neuland-Verlag (1889–2001).

Die Presselandschaft entwickelte sich rasant nach der Gründung der Flensburger Norddeutschen Zeitung im Jahr 1864. Ein Jahr später erschienen erstmals die Flensburger Nachrichten, der Vorläufer des Flensburger Tageblattes. Diesen beiden auflagenstärksten Blättern, die sich an Leser aus dem deutschsprachigen Bürgertum wendeten, folgte 1869 die Flensborg Avis, eine Tageszeitung eigens für die dänischen Minderheit. Für die Dänen im damaligen Herzogtum Schleswig gab es bereits die dänische Tageszeitung Dannevirke, die dort ab 1838 als erste dänischsprachige Zeitung erschien und bis 1975 herausgegeben wurde. Deutschsprachige Blätter für dänischgesinnte Südschleswiger waren das von 1948 bis 1974 herausgegebene Presseorgan des Südschleswigschen Wählerverbandes (SSW), die Südschleswigsche Heimatzeitung, anfangs eine Konkurrenz zu den beiden Flensburger Tageszeitungen, sowie die 1980 bis 2010 erschienene, zweisprachige Zeitschrift für Kultur und Geschichte Slesvigland. Auf regionale Berichterstattung konzentrierte sich ab 1872 das Flensburger Annoncenblatt. Als ein ausdrücklich sozialdemokratisches Blatt verstand sich ab 1911 ein Ableger der Kieler Volks-Zeitung, die Flensburger Volks-Zeitung, und ab 1912 vervollständigte das Wochenblatt Flensburger Frauen-Zeitung die Presselandschaft.

Flensburg ist seit den 1980er-Jahren Sitz des Schleswig-Holsteinischen Zeitungsverlages (kurz sh:z), bei dem auch das Flensburger Tageblatt (Auflage über 30.000 Exemplare) erscheint. In der Petuhsprache ist die 1865 gegründete Zeitung als Tante Maaß bekannt. Im April 2016 gab das Bundeskartellamt seine Zustimmung zur einhundertprozentigen Übernahme des sh:z durch die NOZ Mediengruppe aus Osnabrück. Zweite Tageszeitung ist die überwiegend dänischsprachige Flensborg Avis (Auflage 5.200), ein Sprachrohr der dänischen Minderheit, das zu einem Drittel in Deutsch veröffentlicht. Der Nordschleswiger, das Sprachrohr der deutschen Minderheit in Dänemark ist vereinzelt auch in Flensburg erhältlich. Kostenlos verteilt werden das Monatsmagazin Flensburg Journal (Auflage 48.000) sowie die Anzeigenblätter Die Wochenschau der sh:z und die MoinMoin, ein 1977 entstandenes Wochenblatt, das zusammen mit den Wochenblättern Nordfriesland Palette und Anzeiger mittlerweile eine wöchentliche Gesamtauflage von 225.000 Exemplaren erreicht.

Mit dem Offenen Kanal Flensburg gibt es in der Stadt ein Bürgerfernsehen. Der Norddeutsche Rundfunk betreibt zudem im ehemaligen Musikpavillon des Deutschen Hauses ein Studio für Hörfunk (seit 1950) und Fernsehen (seit 2000) mit rund einem Dutzend Mitarbeitern. Hier im NDR-Studio Flensburg in der Friedrich-Ebert-Straße 1 entstehen werktags Regionalnachrichten und Reportagen, die zum Beispiel für NDR 1 Welle Nord oder das Schleswig-Holstein Magazin produziert werden. Von dem seit 2007 denkmalgeschützten Gebäude übertrug der NWDR bereits am 23. Dezember 1950 als erstes Studio nördlich von Hamburg seine erste Sendung und der Standort blieb bis zur Eröffnung des Kieler Studios 1965 die zentrale Rundfunkstation für Schleswig-Holstein.

Von 1990 bis 1996 sendete Förde Fetz Radio jeden Freitagabend ein Programm mit Rockmusik und Szeneberichten aus Flensburg. Ausgestrahlt wurde es über ein Lokalradio im dänischen Gravenstein. Über dieselbe Station sendete von 1993 bis 1996 Radio Flensburg täglich ein dreistündiges Programm. Ziel clash es, ein Stadtradio zu etablieren. Das Projekt musste jedoch aufgrund finanzieller Probleme des dänischen Senders wieder eingestellt werden. Seit dem 1. Oktober 2006 sendet Radio Flensburg als Internetradio und seit März 2011 läuft das 24-Stunden-Musikprogramm von Foerde Radio.

Im Frühjahr 2017 erhielt das „Freie Radio Flensburg“ (Freies Radio Fratz) die Zulassung von der Medienanstalt Hamburg/Schleswig-Holstein (MA HSH). Schleswig-Holstein zweites nichtkommerzielles Lokalradio (NKL) startete 2018 sein Programm für Flensburg, Glücksburg und Tastrup.

Zu den nennenswerten Online-Magazinen mit Nachrichten aus der Region zählen seit November 2012 förde.news (vormals Flensburger Stadtanzeiger), seit 1996 das Angebot der Stadtbuch-Redaktion Flensburg, Flensburg-online. Seit 2004 liefert das regionale Onlinemagazin Flensburg Szene Informationen zur Stadt, zu Veranstaltungen, Kultur, Tourismus, Musik und Partys.

Auf dem Fuchsberg in Flensburg-Engelsby betreibt der NDR den Sender Flensburg, eine Sendeanlage für UKW und TV. Daneben existiert in Freienwill (rund 4 km südlich von Flensburg) der Fernmeldeturm Freienwill, von dem Flensburg und Umgebung versorgt werden. Darüber hinaus senden vom nahen Sender Wassersleben einige Programme für Flensburg.

An der Europa-Universität Flensburg waren im Wintersemester 2014/2015 mehr als 5000 Studenten eingeschrieben. Fünf Jahre später waren es bereits fast 6000. Vorläufer der Uni accomplishment die 1946 gegründete Pädagogische Hochschule, die 1994 zur Universität erhoben wurde.

Die Hochschule Flensburg ist eine Fachhochschule mit mehr als 4100 Studenten (WS 2014/2015). Sie entstand 1886 als Königliche Seedampf-Maschinisten-Schule, die sich zu einer Schiffsingenieurschule entwickelte. Aus dieser ging wiederum die Fachhochschule für Technik hervor, die 1973 in die Fachhochschule Flensburg umgewandelt wurde, nachdem auch der Fachbereich Wirtschaft gegründet worden war. 2016 verkürzte die Fachhochschule Flensburg ihren Namen auf Hochschule Flensburg, ohne den Status einer Fachhochschule zu verlieren. Sowohl für Studenten der Europa-Universität Flensburg als auch für die der Hochschule Flensburg gibt es seit dem 10. Juni 2014 eine campusübergreifende Studentenverbindung. Deutschlands nördlichste Studentenverbindung, ZΔΩ Flensburg, benannte sich nach den drei Buchstaben Zeta, Delta und Omega aus dem griechischen Alphabet und „eint Studenten des männlichen Geschlechts mit stattlicher Trinkfestigkeit.“

Eine dritte Hochschule in der Stadt ist die Wirtschaftsakademie Schleswig-Holstein mit Hauptsitz in Kiel, die in Flensburg einen Standort in den Pekohöfen unterhält. Hier wird neben vielen beruflichen Weiterbildungen zudem die theoretische Ausbildung der Flensburger Studenten an der Berufsakademie durchgeführt. Eine weitere Hochschule war die Nordische Universität (NU). Deutschlands dritte private Hochschule mit Sitz in Flensburg und Neumünster wurde 1985 gegründet und bereits vier Jahre später wieder geschlossen.

Flensburg ist Sitz mehrerer Bibliotheken und Archive: Das Stadtarchiv Flensburg, das seit 1964 im Untergeschoss des Rathauses am Pferdewasser untergebracht ist, besitzt umfangreiche Sammlungen zur Geschichte Flensburgs. Die Stadtbibliothek Flensburg in der obersten Etage des Einkaufszentrums Flensburg Galerie verfügt über 120.000 Medien. Mit Hilfe der Leihverkehrs- und Ergänzungsbibliothek (LEB) (ehemals Landeszentralbibliothek Flensburg) in der Waitzstraße können Bücher über Fernleihe beschafft werden.

An der dänischen Minderheit interessierten Lesern steht die Dänische Zentralbibliothek für Südschleswig in der Norderstraße offen. Dort hält die Schleswigsche Sammlung (Den Slesvigske Samling) Literatur zur Geschichte Nord- und Südschleswigs in den Sprachen Deutsch, Dänisch, Niederdeutsch, Friesisch, Sønderjysk und Petuh bereit. Eine eigene Bibliothek haben die Studenten der Flensburger Hochschulen, die zu Studienzwecken wissenschaftliche Literatur in der Zentralen Hochschulbibliothek Flensburg (ZHB) ausleihen können. Ein Bestand von über 60.000 Medien beherbergt zudem die Bibliothek der Marineschule Mürwik.

Öffentliche Bücherschränke mit Büchern zum Tauschen oder Mitnehmen finden sich mindestens drei im Stadtgebiet: einer in Fruerlund, einer in der Neustadt und einer in der Nähe des Twedter Placks.

Flensburg ist an einige nationale und internationale Radwanderwege angeschlossen, darunter an den Ostseeküsten-Radweg, der als EuroVelo-Route 10 die Ostsee umrundet. Die Fördestadt ist dadurch mit Städten wie Kiel, Danzig, Riga, Sankt Petersburg und Kopenhagen verbunden. Ebenso verläuft durch Flensburg die EuroVelo-Route 3, die sog. Pilgerroute von Norwegen bis nach Spanien.

Die Stadt cap einen Radverkehrsplan zur Förderung des Fahrradverkehrs z. B. durch Schaffung attraktiver Wegeverbindungen und Errichtung von Abstellanlagen beschlossen.

Die Bundesautobahn 7 aus Richtung Hamburg passiert Flensburg westlich, sie wird in Dänemark als Europastraße 45 weitergeführt. Ferner führen die Bundesstraßen B 199 und B 200 (Westtangente) durch das Stadtgebiet. An die Abfahrt Flensburg-Süd der B 200 schließt die nach langer und zeitweise heftig umstrittener Planung 2006 eingeweihte Osttangente (B 199) an, die am Schnittpunkt der Stadtteile Jürgensby, Fruerlund und Engelsby in die Nordstraße mündet.

Flensburg zählt zu den Gemeinden, in denen zur Verbesserung der Mobilität von Personen ohne Auto (wie Ältere, Jugendliche) als Ergänzung zum öffentlichen Personennahverkehr einige Mitfahrbänke aufgestellt wurden. Hierdurch werden beispielsweise ab dem Neumarkt zusätzliche, kostenlose Fahrmöglichkeiten in verschiedene Richtungen ermöglicht.

Flensburg wird im Eisenbahnverkehr heute im Nah- und Fernverkehr über die Bahnstrecke Neumünster–Flensburg, sowie die Bahnstrecke Kiel–Flensburg erreicht. Der Bahnhof Flensburg bildet jeweils den nördlichen Start-/Endpunkt dieser beiden Strecken. Der Bahnhof befindet sich am südlichen Rand der Altstadt.

Direktverbindungen im ÖPNV des Nahverkehrsverbunds Schleswig-Holstein existieren von und nach Hamburg Hbf über Schleswig, Rendsburg, Neumünster und Elmshorn (RE 7), sowie von und nach Kiel Hbf über Eckernförde (RE 72) jeweils im Stundentakt.

Der Anschluss im Intercity-Linienverkehr erfolgt auf den IC-Linien 26.2, 30 und 76. Die Linie 76 bindet Flensburg dabei im Zweistundentakt an und wird aktuell (Stand: Fahrplanjahr 2019) vom Unternehmen Danske Statsbaner betrieben. Die beiden weiteren Linienverbindungen werden nur noch mit einem Verstärkerzugpaar Freitags und Sonntags über Hamburg hinaus nach Flensburg durchgebunden. Diese Linien werden von DB Fernverkehr betrieben.

Die zwischenzeitlich durchgeführten Fahrten auf der ICE-Linie 76 mittels ICE-TD zwischen Aarhus und Berlin wurden ab dem Fahrplanjahr 2016 durch die EC-Linie 76 abgelöst und seit dem Fahrplanjahr 2019 auf Fahrten von/nach Hamburg eingeschränkt. Hier verkehren aktuell die dänischen IC3-Triebfahrzeuge.

Die Regionalzüge in Richtung Neumünster verkehrten bis 2014 auch mit Halt in Flensburg-Weiche.

Die ehemalige RegionalExpress-Verbindung mit der Bezeichnung Schleswig-Holstein-Express führte nach Hamburg Hauptbahnhof.

Als Ersatz für die früheren Eisenbahnstrecken nach Niebüll und nach Husum und die früheren Strecken der Flensburger Kreisbahn nach Kappeln und Satrup fahren heute Schnellbusse.

Nach Stilllegung der letzten Linie der ehemaligen Städtischen Straßenbahn Flensburg (ab 1881 private Pferdebahn, ab 1907 elektrisch) wurde der ÖPNV ab dem 2. Juni 1973 mit Bussen der Gesellschaften Aktivbus Flensburg (1881–1999 „Stadtwerke Flensburg“), der AFAG, der Autokraft, des Gorzelniaski Omnibusbetriebes und anderer Verkehrsunternehmen durchgeführt. Busunternehmen aus dem Kreis Schleswig-Flensburg sind in der Verkehrsgemeinschaft Schleswig-Flensburg (VGSF) zusammengeschlossen. Es gilt der Schleswig-Holstein-Tarif.

Die Fördeschifffahrt cap stark an Bedeutung verloren, da die früher häufig durchgeführten Butterfahrten mit ihren preisgünstigen Einkaufsmöglichkeiten an Bord der Ausflugsschiffe aufgrund von EU-Beschlüssen entfallen sind. Regelmäßige Schiffsverbindungen bestehen in den Sommermonaten unter anderem nach Glücksburg und rund um die Ochseninseln.

Die Bedeutung des Flensburger Hafens geht weiter zurück: 2011 wurden mit 319 Seeschiffen rund 510.000 Tonnen Güter umgeschlagen, 2012 waren es bei 287 Schiffen (553.900 BRZ) nur noch 466.501 Tonnen. Wenn das Flensburger Futtermittelwerk im Sommer 2013 geschlossen wird, wird mit einem weiteren starken Rückgang gerechnet, weil damit ein Viertel des Ladungsaufkommen verbunden ist. So wurden 2013 nur noch 398.229 Tonnen umgeschlagen; 227 Schiffe liefen den Flensburger Hafen an. Im Jahr 2016 belief sich der Güterumschlag beim Hafenbetreiber Flensburger Hafen GmbH nur noch auf 306.175 Tonnen (2015: 360.734 t, 2014: 367.883 t).

Durch die deutliche Reduzierung der Umschlagzahlen und damit der Bedeutung des Güterhafens gibt es 2018/2019 Überlegungen, diesen in den nächsten Jahren zu schließen. Am Ostufer könnte stattdessen Wohnungsbau in bester Lage erfolgen.

Seltenen Besuch erhält Flensburg von Kreuzfahrtschiffen. Im Jahr 2016 liefen drei Kreuzfahrer den Harniskai an, darunter ein Kreuzfahrer des norwegischen Kreuzfahrtunternehmens Fred. Olsen Cruise Lines, die Braemar mit maximal 929 meist britischen Passagieren und das neue ZDF-Traumschiff Amadea mit maximal 600 meist deutschen Gästen.

Im Westen der Stadt liegt der Flugplatz Flensburg-Schäferhaus, von dem aus Geschäfts-, Privat- sowie Rund- und Fotoflüge angeboten werden. Während Zeppeline zu Anfang des 20. Jahrhunderts am Flensburger Himmel kein ungewohnter Anblick mehr waren, begann die eigentliche Geschichte des Flugplatzes Schäferhaus am 8./9. Juli 1910, als ein Aviatiker auf Veranlassung der Ortsgruppe des Vereins für Motorluftschifffahrt Schauflüge mit einem Motorflugzeug unternahm. 1923 wurde der Deutsche Luftfahrtverein Flensburg gegründet, der bis 1937 bestand und 1950 durch den Luftsportverein Flensburg wiederbelebt wurde. Der Verein und seine rund 240 Mitglieder sind aktiv in den Sparten Motorflug, Segelflug und Fallschirmsprung. In Schäferhaus case auch der Heimatflughafen der Fluggesellschaft Northern Air Charter, deren Flotte von 1991 bis 2003 überwiegend für den Frachtflugverkehr eingesetzt worden war, um Bauteile des Mobilfunkherstellers Motorola zwischen Flensburg und dem schottischen Edinburgh zu befördern.

Vom Wasserlandeplatz in Sonwik starten Maschinen des Unternehmens Clipper Aviation, das auch eine Flugschule betreibt.

Trinkwasserversorgung

Die Gewinnung, Aufbereitung und Verteilung des Trinkwassers wird von den Stadtwerken Flensburg übernommen. In zwei Wasserwerken (Ostseebad und Süd) wird Grundwasser zu Trinkwasser aufbereitet. Das Wasserwerk am Ostseebad ging 1881 in Betrieb und fördert aus sieben Brunnen mit einer Tiefe von 100 bis 140 Metern. Das Wasserwerk Süd (1970 eröffnet) hat vier Brunnen mit Tiefen zwischen 200 und 300 Metern. Das Grundwasser steht unter artesischem Druck, der ausreicht, um das Wasser auf eine Höhe von 11 Metern über Normalnull zu heben. Daher sind im Wasserwerk Ostseebad keine Pumpen nötig. Das Wasserwerk Süd liegt auf 33 Metern über Normalnull, weswegen hier gepumpt werden muss.

Jährlich werden ca. 4,7 Mio. m³ Wasser in das 358 km lange Leitungsnetz abgegeben. Hier sind zwei Wassertürme eingebunden, die Verbrauchsspitzen abdecken und auch der Druckerhaltung im Netz dienen (Mürwik mit 1.500 m³ Speichervolumen und Mühlenstraße mit 350 m³). Die Türme wurden auf zweien der höchsten Punkte im Stadtgebiet errichtet, die Wasserspiegel in den Behältern liegen auf 77 Metern über Normalnull. Der Wasserturm Mürwik verfügt über eine Aussichtsplattform für Besucher.

Wasserqualität

Die Gesamthärte liegt mit 7,6 bis 8,9 °dH im Härtebereich „mittel“. Der Brutto-Verbrauchspreis beträgt 1,75 Euro je Kubikmeter.

Abwasserentsorgung

Die Ableitung und Reinigung des anfallenden Abwassers fällt in den Zuständigkeitsbereich des Technischen Betriebszentrums Flensburg. Die 562 Kilometer lange öffentliche Kanalisation befördert das Abwasser zum zentralen Klärwerk in Kielseng 54.80559.4481. Die Anlage wurde 1962 in Betrieb genommen und cap eine Ausbaugröße von 224.000 Einwohnerwerten. Sie behandelt jährlich 10,3 Mio. m³ Abwasser. Das gereinigte Wasser wird anschließen in die Förde eingeleitet.

Der anfallende Klärschlamm wird in drei Faultürmen ausgefault. Das dabei entstehende Klärgas wird zur Strom- und Wärmeerzeugung verwendet. So können inzwischen 63 % des Strom- und 100 % des Wärmebedarfs der Kläranlage selbst gedeckt werden. Der ausgefaulte Schlamm wird in der Landwirtschaft verwertet.